Inserisci il set in una tua lista e poi c'è una funzione che ti permette di inserire i pezzi smarriti, a quel punto quando vedi l'inventario del set ti marchia in rosso quelli che ti mancano.
Adesso non ricordo se la lista dei smarriti è specifica del set o è globale, però dovresti poterli inserire direttamente dall'inventario del set
EDIT: ora che sono comodo a casa ti faccio pure il disegnino
Prendiamo ad esempio uno dei miei set di cui so che mi mancano 2 pezzi perché persi da piccolo:
Vado nell'inventario del set, clicco il pezzo che devo segnare come mancante ed imposto la quantità
A questo punto nell'inventario dovrebbero comparire col bordino arancio (se ne hai di meno di quelli richiesti) oppure col bordino rosso (attivando l'evidenza delle parti mancanti) se non ne hai proprio
Nel mio caso mi segnerebbe tutte le parti mancanti (quelle col bordino grigio) perché il set è in una lista che non è considerata per la costruzione, quindi quelle verdi e arancio sono parte dello sfuso di altri set.
Se però vai nella lista "My lost parts" puoi vedere tutte le parti mancanti, e cliccandole ti dice anche in che set mancano se le hai inserite partendo dagli inventari.